O curso de pós-graduação em Endodontia possui uma estrutura curricular edificada pelos eixos de sua área de concentração e por eixos conexos, por meio do cumprimento de 886 horas entre disciplinas e defesa da monografia.

As disciplinas obrigatórias para a área de concentração são distribuídas da seguinte forma: Endodontia pré-clínica, Endodontia Clínica, Cirurgia paraendodôntica, Inovações e evidências científicas em Endodontia. As disciplinas conexas e obrigatórias foram conjugadas conforme as necessidades da área de concentração, sendo elas: Bioética, Metodologia Científica, Emergência médica em Odontologia e Ética e Legislação em Odontologia. As disciplinas da área de concentração possuem carga horária prática que será cumprida nos ambulatórios de atendimento da instituição e também em laboratórios multidisciplinares.